Según la doctrina de la creación de Heliópolis, Atum apareció sobre la colina primigenia que surgió al inicio de los tiempos de las caóticas aguas que cubrían el mundo. El dios, "que se creó a sí mismo", engendró a la primera pareja de dioses: Shu (Aire) y Tefnut (Humedad), según una versión del mito con un estornudo y según otra mediante una masturbación. A su vez, Shu y Tefnut engendraron a Geb (Tierra) y Nut (Cielo), de quienes surgieron dos parejas de dioses; Isis y Osiris, y Neftis y Seth. Las cuatro generaciones unidas eran los nuevos dioses de Heliópolis.Atum estaba estrechamente unido con Ra, el dios del Sol. Encarnaba su aspecto al anochecer como sol poniente e incluso podía aparecer como una divinidad independiente, Atum-Ra. Ambos dioses tenían en Heliópolis templos y santuarios separados. A Atum se le respresenta por lo general con figura humana y con una corona doble sobre la cabeza.
